A partire dall'epoca Kamakura, dopo la graduale perdita di potere della casa imperiale incentrato attorno alla figura del Tenno i governatori provinciali, un tempo incaricati dall'imperatore stesso, divennero indipendenti e cominciarono una escalation militare che porterà a diverse guerre tra feudi (kuni, un tempo semplici giurisdizioni civili) e al succedersi di reggenti guerrieri (Shogun) alla guida del paese, solo nominalmente investiti dall'imperatore. È nell'epoca degli scontri più accesi tra diversi signori della guerra (daimyo), il periodo noto come dei "Feudi Combattenti" (Sengoku) che si renderanno sempre più necessarie mansioni spionistiche di militari addestrati e strategie sempre più sofisticate. Sembra che i maggiori esperti nella guerriglia fossero i signori di alcune aree geografiche remote e non politicamente forti, come Iga e Koga, che dovettero proteggersi con sistemi di intelligence piuttosto che con il dispiegamento di grandi armate. Ne sarebbe una prova il fatto che dopo l'unificazione del paese da parte di Tokugawa Ieyasu nel 1601, che darà inizio ad un Era relativamente pacifica fino alla restaurazione Meiji, egli stesso ed i suoi successori si avvalsero del servizio di alcuni uomini discendenti delle famiglie di Iga e Koga, impiegati come guardie, poliziotti e spie. In realtà la dottrina militare (bujutsu) trasmessa in diverse scuole antiche, talune ancora esistenti, contiene spesso un repertorio di tecniche di guerriglia e spionaggio chiamato Ninjutsu. D'altra parte il sistema tipico di trasmissione delle varie conoscenze tecniche nei clan giapponesi, attraverso una tradizione prettamente orale e un insegnamento diretto delle varie conoscenze, fa si che la comprensione attuale di queste arti sia a volte dubbia e debba fare i conti con interpolazioni e leggende.

Con alcune eccezioni, dovute al tentativo di alcuni maestri di dare vita a nuovi sistemi di Arti marziali giapponesi basati su queste tecniche, il Ninjutsu è praticato marginalmente e più spesso come complemento tecnico e teorico nel contesto di discipline marziali tradizionali e definisce ormai esclusivamente le tecniche utilizzate nel passato feudale giapponese.

ma xkè alcune parole sn in neretto?

sono quelle più importanti